Manasés comenzó a reinar a los doce años. La capital de su reino fue Jerusalén, y su reinado duró cincuenta y cinco años. Manasés no obedeció a Dios, pues practicó las costumbres vergonzosas de las naciones que Dios había expulsado del territorio de los israelitas. Reconstruyó los pequeños templos que su padre Ezequías había destruido, hizo imágenes de la diosa Astarté y edificó altares para adorar a Baal, y adoró a todos los astros del cielo.
Manasés construyó altares para esos astros en los patios del templo de Dios, aun cuando Dios había dicho que ese templo sería su casa en Jerusalén por siempre. Puso la imagen de un ídolo en el templo de Dios, practicó la hechicería y la brujería, y se hizo amigo de brujos y espiritistas. También hizo quemar a su hijo como un sacrificio en el valle de Ben-hinom. Su comportamiento fue tan malo, que Dios se enojó mucho. Dios les había dicho a David y a su hijo Salomón: «De todas las ciudades de Israel, he elegido a Jerusalén, para poner allí mi templo y vivir en él para siempre. Si los israelitas obedecen todos los mandamientos que le di a Moisés, no los expulsaré del país que les he dado».
Pero los israelitas no obedecieron a Dios, y Manasés les enseñó a cometer peores pecados que los que habían cometido las naciones que Dios había destruido cuando los israelitas llegaron a la región. Dios les hizo ver a Manasés y a su pueblo que estaban equivocados, pero ellos no le hicieron caso.
Entonces Dios hizo que los jefes del ejército del rey de Asiria atacaran a los israelitas. Los asirios apresaron a Manasés y lo humillaron, pues le pusieron un gancho en la nariz, lo ataron con cadenas de bronce y se lo llevaron prisionero a Babilonia.
Allí, mientras sufría tal humillación, Manasés le rogó a Dios que lo perdonara. Se humilló tanto delante del Dios de sus antepasados, que Dios escuchó su oración y lo perdonó. Además, le permitió volver a Jerusalén para reinar sobre Judá. Solo así pudo Manasés comprender que su Dios era el Dios verdadero.
Después de esto, Manasés construyó una muralla más alta alrededor de la Ciudad de David. Esta empezaba al oeste de Guihón, pasaba por el arroyo y llegaba al Portón del Pescado, y finalmente rodeaba el monte Ófel. Luego puso a los jefes de su ejército en todas las ciudades de Judá que tenían murallas. También quitó los dioses extranjeros y el ídolo que había puesto en el templo de Dios. Además, destruyó todos los altares que había construido en Jerusalén y en el cerro donde estaba el templo, y los arrojó fuera de la ciudad.
Manasés restauró el altar de Dios, y presentó ofrendas para pedir perdón y dar gracias a Dios. Finalmente, le ordenó a toda la gente de Judá que solamente adorara y sirviera al Dios de Israel. El pueblo obedeció a Manasés, presentando ofrendas a su Dios, aunque también siguieron haciéndolo en los pequeños templos de las colinas.
La historia de Manasés está escrita en el libro de la historia de los reyes de Israel, y en la Historia de los profetas. Allí se puede leer acerca de su oración y la respuesta que Dios le dio, y también acerca de sus pecados y su desobediencia. Allí aparece la lista de los pequeños templos de las colinas, en donde edificó altares y puso imágenes de Astarté y de ídolos, y allí se narra también cómo adoró Manasés a esos ídolos, y cuáles fueron los mensajes que recibió de Dios por medio de los profetas.
Cuando Manasés murió, lo enterraron en el jardín de su palacio. Su hijo Amón reinó en su lugar.