Večer téhož dne, onoho prvního dne v týdnu, se učedníci kvůli strachu z židovských představených sešli za zavřenými dveřmi. Vtom přišel Ježíš, postavil se doprostřed a řekl jim: „Pokoj vám.“ Po těch slovech jim ukázal své ruce i bok. Učedníci byli šťastní, že vidí Pána. „Pokoj vám,“ opakoval Ježíš. „Jako mě poslal Otec, i já posílám vás.“ Po těch slovech na ně dechl a řekl jim: „Přijměte Ducha svatého. Komu odpustíte hříchy, tomu jsou odpuštěny; komu je zadržíte, tomu jsou zadrženy.“
Když tehdy mezi ně Ježíš přišel, jeden z Dvanácti, Tomáš zvaný Dvojče, tam nebyl. Ostatní učedníci mu říkali: „Viděli jsme Pána!“ „Dokud neuvidím stopu hřebů v jeho rukou,“ odpověděl jim, „dokud prstem nesáhnu tam, kde byly hřeby, dokud nevložím ruku do jeho boku, nikdy neuvěřím.“
O týden později byli jeho učedníci znovu uvnitř a Tomáš s nimi. Dveře byly zavřené, ale Ježíš přišel a postavil se doprostřed se slovy: „Pokoj vám.“ Potom řekl Tomášovi: „Polož sem prst. Podívej se na mé ruce. Natáhni ruku a vlož mi ji do boku. Přestaň být nevěřící a začni věřit.“
„Můj Pán a můj Bůh!“ zvolal Tomáš.
„Uvěřil jsi, protože jsi mě viděl,“ řekl mu Ježíš. „Blaze těm, kteří neviděli, a uvěřili.“
Ježíš ovšem před svými učedníky udělal i mnoho jiných zázraků, které v této knize nejsou zapsány. Tyto jsou ale zapsány, abyste uvěřili, že Ježíš je Mesiáš, Boží Syn, a abyste skrze víru měli život v jeho jménu.